Как и все органы растений, корни дышат: они поглощают кислород, присутствовавший в заполненных воздухом почвенных пустотах, и выделяют углекислый газ. Когда воздух отсутствует, дыхание затруднено. Так обстоит дело, в частности, в уплотненных и переувлажненных почвах, в которых вода вытесняет воздух из всех пустот, или в почвах, имеющих воздухонепроницаемое покрытие (асфальт, бетон). Деревьям, посаженным вдоль городских тротуаров, тоже может не хватать кислорода, что вызывает темные пятна на листьях, преждевременное опадение летней листвы или даже гибель деревьев. Виды, основания стволов которых находятся в воде, имеют различные приспособления, позволяющие им добывать кислород. Некоторые мангровые деревья (живущие в мангровых зарослях), а также кипарис болотный голый, живущий в условиях регулярного затопления, обладают так называемыми дыхательными корнями, или пневматофорами, которые растут кверху (в соответствии с отрицательным геотропизмом, что отличает их от большинства корней) и поднимаются из воды, чтобы поглощать кислород из атмосферы.