Первоначально при одомашнивании человек выбирал нужные ему черты отдельных особей того или иного вида, чтобы передать эти черты (т. е. соответствующие гены) следующим поколениям.

Селекция производилась путем отбора пар для скрещивания. В древности крестьянин интуитивно сеял семена тех растений, которые дали в предыдущем году лучший урожай. Селекционеры скрещивали те особи, которые имели интересующий их набор особенностей (например, окраску), чтобы наверняка обнаружить эти черты у потомства. Они пытались объединить черты, присущие разным индивидам: скрещивая сорт ржи с крупным зерном, не очень устойчивый к болезням, с другим сортом ржи, устойчивым к болезням, но зерна которого меньше по размеру, можно получить в результате случайного генетического сочетания особи с крупными зернами, устойчивые к болезням.

Процесс селекции всегда длителен (от 10 до 15 лет уходит на то, чтобы получить новую разновидность розы), поскольку охватывает несколько поколений и требует ожидания, пока особь каждого поколения достигнет половозрелого возраста (иногда для деревьев это составляет десятки лет).