Селекция и выведение новых организмов чаще всего находит применение в сельском хозяйстве в производстве продуктов питания и фармацевтической промышленности.

Так, трансгенные бактерии, млекопитающие, растения и дрожжи (микроскопические грибы) широко используются для выработки полезных молекул (которые вновь используют в культуре). Первые удачные результаты были получены в промышленном производстве инсулина (используемого для лечения диабета) и гормона человеческого роста. Среди других продуктов антибиотики, интерфероны (для лечения вирусных болезней и опухолей), гормоны стероидов (антивоспалительных, противозачаточных, противораковых средств), кальцитонин (гормон, позволяющий бороться против остеопороза), вакцины и т. д.

Еще одна широкая область применения новых видов — переработка и очистка отходов. Исследуемые организмы в основном относятся к микроорганизмам (бактерии, грибы); многие из них способны разлагать определенные вещества (нефтепродукты, продукты, содержащие хлор или фтор, составные части взрывчатых веществ) или концентрировать загрязнитель (в частности, тяжелые металлы) в своих клетках, упрощая, таким образом, его устранение.

Можно определить, какие из микроорганизмов, присутствующих в воде, почве или загрязненных местах, более пригодны для устранения загрязнения, и ускорить их размножение. Так были очищены почвы в местах старых нефтеразработок в Канаде. Другие способы биологической очистки подразумевают применение трансгенных микроорганизмов, однако сегодня наука еще не в состоянии правильно оценить риск внедрения ГИО в окружающую среду.