Концепция биологической эволюции сегодня широко признана. Большую часть положений теории синтетической эволюции почти единодушно приняли в научном мире. Между тем существует ряд пунктов, по которым имеются разногласия.

Отбор или нейтральная мутация? Естественный отбор, касающийся генетических новообразований, привнесенных мутацией, — вот ключ к пониманию теории синтетической эволюции. Между тем ряд эволюционистов, такие как Мотоо Кимура (1924-1994), полагают, что те мутации, что неблагоприятны для особи, у которой они происходят, немедленно уничтожаются естественным отбором, в то время как большая часть других мутаций является нейтральной, т. е. не несет ни неудобства, ни преимуществ для организма. В этом случае мутации не становятся объектом естественного отбора, и измененный ген может передаться следующим поколениям только случайно.

Постепенна или скачкообразна эволюция? Теория синтетической эволюции утверждает, что макроэволюция в основном является результатом суммы мелких изменений (микро-эволюций) и что она происходит очень постепенно. Другие эволюционисты, в частности Стефен Дж. Коулд и Нил Элдридж, придерживаются теории пунктирных равновесий, согласно которой макроэволюция в некоторые периоды течет очень медленно, а в некоторые гораздо быстрее.