Взаимодействие на всех уровнях — от индивидов до сообществ определяется различными факторами: конкуренцией, хищничеством, паразитизмом, мутуализмом.

Конкуренция. Выделяют внутривидовую конкуренцию, т. е. конкуренцию между представителями одной популяции, и межвидовую, т. е. ту, при которой конкурируют представители разных видов. Первая играет роль в борьбе за питание и жизненное пространство. У животных она выражается в разделе к территории: индивидуум или пара индивидов владеют определенной площадью экосистемы, которую они защищают от других индивидов той же популяции.

Межвидовая конкуренция — это отношения между представителями разных видов, которые имеют сходные экологические потребности и сосуществуют в одном и том же биоценозе. Так, разные виды морских птиц могут гнездиться вместе, но пищевые диапазоны их нищ будут разными и между ними не будет никакой конкуренции за пищу.

Хищничество. Часть животных является плотоядными, хищниками. Они играют важную роль в экологическом равновесии. Они никоим образом не заинтересованы в том, чтобы их жертв становилось меньше, ведь тогда им грозит голод.

Мало того, хищник непроизвольно уничтожает в первую очередь слишком обильные молодые особи или старые и больные, ограничивая таким образом риск эпидемий. Хищник, который кажется нам негативным агентом, выполняет также и позитивную функцию: он регулирует численность своих жертв.

Паразитизм и болезни. Паразитизм — это взаимодействие, при котором индивидуум одного вида живет за счет представителя другого вида. Различают эктопаразитов и эндопаразитов. Первые живут, прикрепляясь к своему хозяину снаружи, многие из них, такие как вши или блохи, кровососы. Вторые, внутренние паразиты, живут в крови или внутренних органах. И те и другие могут оказывать очень сильное влияние на своего «хозяина», вплоть до смерти.

В целом смертность от паразитов и от болезней в популяции тем выше, чем меньшее количество времени эта популяция была подвержена возбудителю болезни. Так, вирусное заболевание миксоматоз, распространяющееся среди кроликов через укусы москитов или блох, вызывает 99,9% смертности во вновь зараженной популяции. Напротив, в зонах, где эта болезнь является хронической, смертность находится в пределах 10%.

Мутуализм. В отличие от паразитизма мутуализм представляет позитивное взаимодействие, при котором оба вида от совместной жизни получают выгоду. Речь идет о симбиозе, в котором связь между двумя видами стала настолько тесной, что они не могут жить отдельно друг от друга.

Наиболее наглядным примером является симбиоз в лишайниках, в которых грибы, представляющие таллом, настолько тесно связаны с водорослями, что они образуют новые специфические виды.

В отличие от симбиоза комменсализм — пограничное между мутуализмом и паразитизмом взаимодействие. Здесь вид сожительствует с популяцией или особью другого вида, от которой он зависит в жилье и питании. Комменсализм часто встречается у социальных насекомых. Например, среди муравьедов или осоедов встречается большое число комменсалов, которые пользуются отбросами деятельности колонии, отчего эта последняя имеет безусловную выгоду.